Siempre ha tenido una gran inteligencia, con grandes aptitudes en física y química, graduándose en bioquímica por la Universidad Empire State.
Tras ser mordido por una araña radiactiva, obtuvo los siguientes poderes sobrehumanos:
Una gran fuerza, agilidad, poder trepar por paredes. La fuerza de Spider-Man le permite levantar 10 toneladas o más. Gracias a esta gran fuerza Spider-Man puede realizar saltos muy elevados.
Un "sentido arácnido", que le permite saber si un peligro se cierne sobre él, antes de que suceda. En ocasiones algunos super-villanos consiguen neutralizar esta habilidad, como es el caso de Venom (cómic) o Carnage o, que por su condición simbiótica previa con Spider-Man, eluden su sentido arácnido. Esta habilidad la ha perdido recientemente en una lucha contra los Mata-Arañas, sin embargo en los recientes sucesos de Spider Island dicha habilidad es recuperada gracias a la colaboración de Reed Richards y Max Modell de Horizon Labs.
Tras ser un gran genio en física y química crea una especie de bio-tela similar a la que usan las arañas, la bio-tela es guardada en unos pequeños cartuchos en sus muñecas, la desventaja es que si se le acaban necesita algo de tiempo para cambiar los cartuchos vacíos por unos nuevos.
Sin embargo, tras las Guerras Secretas, Spider-Man obtuvo accidentalmente un simbionte,capaz de producir y lanzar telarañas orgánicas. Finalmente, Spider-Man decide deshacerse del simbionte, el cual es adquirido por Eddie Brock. Tras juntarse, deciden llamarse Venom y vengarse de Spider-Man. Hay una creencia errónea, (por los dibujos animados y por la película) de que el simbionte aumenta las habilidades de Spider-Man y saca su lado más oscuro. Esto no tiene nada que ver con el cómic, ya que en el cómic solo le proporciona telaraña ilimitada y poder cambiar de vestimenta.
En una aventura de la colección The Spectacular Spider-Man que se enmarcaba dentro de los hechos conocidos como Vengadores: Desunidos (Avengers: Disassembled), Peter Parker obtuvo la capacidad de regenerar sus propias telas de araña por una mutación causada por un beso venenoso contra su voluntad por parte de la Reina. Finalmente Spider-Man perdería dicha capacidad.
Las habilidades de Spider-Man se ampliarían, siendo mucho más rápido y fuerte de lo que era antes. Aparte de esto, descubriría cosas nuevas de sus poderes anteriores como que no solo se adhería a las paredes por manos y pies, sino por cualquier parte de su cuerpo. Además podía ver en la oscuridad como algunas arañas e incluso en situaciones de combate y/o tensión, le salían unos aguijones de las muñecas que inyectaban veneno paralizante a sus enemigos y que le servían en la lucha, como se ve durante la batalla con Morlun. Finalmente Spider-Man perdería dicha capacidad.
